世纪末20世纪初，尽管人们对清政府的统治已是日益不满，但孙中山四处倡言革命的时候，各类反清活动，大多还仅仅是洪门等会党组织的作为。
因此，孙中山便从联合会党入手，开始他的革命活动。1886年，孙中山在广州博济医院学医时，便结识了洪门中人郑士良。1894年6月，孙中山上书李鸿章，提出改革建议，然而圆熟事务的李鸿章拒绝了这个有些书生意气的年轻人。
失望之余，28岁的孙中山决意革命，并于该年秋天远赴檀香山组建兴中会。大会上全体与会者同举右手，向天宣誓：“驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府，倘有二心，神明鉴察。”最早的会员邓荫南、杨文纳也是洪门弟子。
洪门起于明末，起源说法不一。大致文宗史可法，武归郑成功，对外称天地会，以反清复明为宗旨。后来清廷势大，洪门逐渐转为地下组织，并流传至海外。太平天国起义时，有很多洪门弟子参加，起义失败后很多人远走海外，在美国促成了致公堂的建立。
清末洪门力量极盛，三合会、小刀会、致公堂等均为洪门分会，统称为会党。孙中山曾说，清末广东人民，十之八九加入洪门各会。海外洪门势力则更加强大，据称仅英国华侨，挂名致公堂者即逾十万人。
正是这些会党朋友的联系帮助，使得孙中山的组织迅速建立并发展起来。1895年2月，孙中山和郑士良等人在香港成立兴中会总部，其会员中有案可查的，会党分子就占了三分之一。早年便追随孙中山投身革命的马超俊曾说：“国父当年创组兴中会，系赖檀香山洪门前辈之支持。”
兴中会、哥老会、三合会首领在香港会见，决定组织兴汉会，公推孙中山为总会长。1900年，孙中山在惠州发动起义，此次起义在军事上起最大作用是三合会首领黄福。
在他的号召下起义军会集了600名三合会会众，占据三洲田，于8月15日晚袭取沙湾，起义最盛时达两万人，但后来枪弹接济不上，起义军解散。
为了更有效地联络洪门这股力量，1904年1月，孙中山在檀香山加入致公堂，并受“红棍”之职。接着便前往美国本土，受到致公堂首领黄三德的热情接待。
在黄三德的陪同下，孙中山前往各城市对洪门会众进行革命宣传。同时还为致公堂重新制定章程，从而将美国的洪门组织，也纳入革命的旗帜之下。
国内的会党组织，同样也是孙中山积极联络的对象。1899年，孙中山派毕永年和平山周到湘、鄂一带联系哥老会，同时指令郑士良、陈少白等在香港设立会党联络的机关，建议将湖南、湖北、广东等地的三合会、哥老会与兴中会联合起来。
同年，两湖哥老会着名头目十数人先后到港，共同商定设立兴汉会，统一三省会党，并决议推举孙中山为会长。此后，黄兴联络哥老会、三合会、青帮、红帮等组建华兴会；陶成章则联络浙江、福建、江苏、江西、安徽五省会党头目，在杭州成立龙华会。
孙中山还让冯自由在日本组织三合会。秋瑾即从属于三合会，职位为“白扇”，入会仪式一如洪门，有刀架脖、喝鸡血、跨火盆等。
从此孙中山调动洪门弟子更加得力，之后陆续发动的八次起义，均以洪门弟子为主力。秋瑾、徐锡麟的牺牲，汪精卫回国刺摄政王等事件，都是这八次起义直接或间接造成的，但八次起义最终均告失败。
当然，由于会党成员复杂，也影响了武装起义的结局。如1909年广安起义，临届发动，领导起义的四川哥老会巨头余英却被一批帮会分子包围在茶馆内哄闹：“喊我们来办事，讲好每天发四百文钱，钱又不给，搞什么名堂？”以致消息走漏，起义失败。
当孙中山第三次赴美时，作出了将致公堂与同盟会合并的决定，要求致公堂未曾参加同盟会的成员，一律加入同盟会，而所有同盟会成员也一律加入洪门致公堂。
随即孙中山提议组织洪门筹饷局，为国内武装起义筹集军饷。经过致公堂与洪门筹饷局的努力，仅仅数月之间，便在华侨中集款144130元。
与此同时，海外其他地方，“捐资者异常踊跃”，加拿大维多利亚致公堂竟不惜抵押公产，借款筹饷。消息传出，各地纷纷效仿。
孙中山在海外联络的会党，为支持革命而“慷慨助饷”；他在国内联络的会党，则在武装起义时冲锋陷阵，各尽所能，为辛亥革命成功立下了功勋。
由结盟到反目
辛亥革命成功，会党功不可没，但身为洪门中人的民国之父孙中山，却断然拒绝了洪门立案(注册成合法政团)“改堂为党”的要求。
孙中山刚就任临时大总统，就接连不断地收到海外华侨热情的贺电，纷纷表达了对新政权建立的支持与喜悦。其中表现最为积极的，可能要算海外的洪门组织了。
当时，加拿大维多利亚致公堂在电函中，就首先表达了他们对革命一如既往的支持：“同人等愿牺牲公产为军民国用，求大总统早日北伐，直捣幽燕。”而这份信函最核心的内容却是：请求为洪门立案，回国合法参政。
在长沙，起义成功后，会党兄弟们过着优游快乐、随心所欲的生活。“进出都督府的人，车水马龙，熙熙攘攘”，他们一起吃“大锅饭”，纷纷要求得到妥善的安置，以至于都督焦达峰忙于接应，都无暇办理公事。而衡阳以南各属会党也是意气风发、得意洋洋，一些会党兄弟无比喜悦地认为：“焦大哥做了都督，今天是我们洪家的天下了。”
不仅仅是湖南，有些地方的会党还明目张胆地占领民房衙署做起公口、设立山堂，有的干脆在军政府公署门前挂起“大汉公”、“大陆公”、“光汉公”等公口招牌。
在陕西，几乎所有要位都落在了不识字的哥老会人手上。在贵州，会党公口开进了军政府各部门，而在四川，此前一直在暗地里才能活动的哥老会，突然光明正大起来，他们将公口向社会完全公开出来，而市民也争相“参加袍哥”。
黄三德与孙中山在广州约见，谈及致公堂立案一事，孙中山满口应承，但要黄三德具呈胡汉民，请其批准，因为孙中山已卸任临时总统职务，而当时筹集军饷多由胡汉民负责接收。此时胡汉民正任广东都督，黄三德很快便将呈文递上都督署，然而不料一月之久，“渺无声息”。
黄三德也许还不清楚，孙中山回国两月之后，便改变了之前的态度。1912年1月29日，他在致江西马毓宝暨南昌各界的电文中说：听说在省城(会党)扰乱地方的事情时有发生，如果不严申禁令，这不但与我建设共和国的宗旨相违背，也关系到民国将来的前途问题。
一时间，镇压会党成为全国的潮流。与此同时，全国的报纸也无一例外地表达着对会党的蔑视与敌意，批驳并谴责他们对于社会的危害。
不久，孙中山便离粤北上。但在广州，黄三德依然为洪门立案的事情奔劳。孙中山虚与委蛇，而胡汉民则置此事于脑后不理。
一次黄三德见到胡汉民，说：“洪门帮助革命，不能不谓有功，今区区一纸立案批词而拒绝之，试问良心何在？若果不准洪门立案，应偿还洪门人士所捐之革命军饷，各埠洪门为帮助革命而变卖抵押之实业，应当一一为之赎回。”胡汉民听后，又将责任推归大总统孙中山。
革命党认为，洪门向来以恢复汉族统治为宗旨，如今目的已达，历史使命就已完成，也就没有在国内立案活动的必要。在多数革命党人看来，当初联络会党只是权宜之计，因而革命成功后，他们的态度急转直下。
当然，也有个别和会党关系很深的革命党人，认真思考过处理会党问题的方法。比如谭人凤就草拟过一些会党改造的方案，还制定出一系列教育会员、职业培训、兴办社会生计事业以安置无业会党成员的具体办法，希望在湖南首先实行。
但是，刚刚在街上挂出一块筹备会的牌子，革命党人柳聘农家中便被恐吓，扔了一颗炸弹，然后立宪派和权绅大起其哄，说：“会匪闹进城来了！”准备大举清乡，实行屠杀。谭人凤只好宣布作罢。
这种背景下，1912年7月1日，在上海，由红帮、青帮和哥老会公口三家帮会联合成立了“中华民国共进会”，由应夔丞任会长。
成立大会上，着名的哥老会首领张尧卿说，“今既三家合而为一，成一大团体”，“深望同胞痛改前非，从兹为善，共守法律，同享自由”。然而，四下的会众依然没有停止扰乱社会秩序的行为，因而舆论声讨、谴责的声音从未中断。
浙江、江苏先后严令解散共进会。不久，因共进会会长应夔丞卷入宋教仁案，使得共进会的形象被彻底破坏，一次由旧会党向新型政党转变的尝试以失败告终。
孙中山就任中国铁路总公司总理。不久，黄三德来上海见到孙中山，告以胡汉民不肯批准洪门立案的事情，孙中山“权作答复，亦无切实之言”。
其实，黄三德这时已明白：“两人扯猫尾，有意压迫洪门，不准其正式立案，盖为其自己组织政党起见，欲消灭洪门而吸收之，不愿意洪门再成势力。”无奈，黄三德决意回美，请代筹船费，“孙文靳而不予”。
回到美国后，黄三德又一次收到孙中山寄来的书信。当时二次革命失败后，国民党被袁世凯解散，孙中山逃亡日本，准备组建中华革命党，动员洪门人士一律加入，将致公堂改为中华革命党，印出传单，遍寄加拿大和美国，随即准备开始就第三次革命向洪门筹款。
当时有洪门人士在给孙中山的复函中写到：“先生衰时则倚庇于洪门，盛时则鄙屑洪门，避之若浼。今盛而复衰，又欲与洪门亲密。先生休矣。”洪门对孙中山已愤恨如此，第三次筹饷，终未成功。
孙中山居住上海期间，北大校长蔡元培与张蔚西曾经联名上书孙中山，拟从清朝的秘密会党活动开始，至南京临时政府取消之日止，仿照《通鉴外纪》的写法，编写一本名叫《国史前编》的书，征求孙中山的意见。
孙中山在回信中说：近代秘密会党，皆缘起于明末遗民，主旨在反清复明……这与共和原理、民权主义等理论关系不大，相差较远，所以应该另编一部秘密会党史，而不是“杂厕”于民国史。
孙中山祭拜明孝陵
民国之父孙中山在革命过程中虽然多次借助洪门力量，但其骨干力量、政治纲领却完全是现代民主式的，就是军事理论也是现代式的。
因为在武装起义过程中要借助洪门，不免要打上洪门的烙印。如1900年的惠州起义中，起义军“在多祝驻营时，通知居民不必闭户，必须在门前点一灯为标志，取其复明之意”。
一九零七年的潮州黄冈起义中，会党占领黄冈建立军政府时，标明“大明军政府孙”，可见“反清复明”的口号在孙中山领导的起义中多次出现。
