因为赵猛的牵制，关威带领新队员们成功将美国牧师护送出成。不想赵猛却在撤退途中寡不敌众，痛失一臂。
关威得意洋洋回到驻地，被武工队的老队员痛斥，在得知道赵猛断臂之事后方才得知道自己闯下了弥天大祸，愧疚不已。
两个月后，赵猛归队。苏先生祭日，关威在苏先生墓前真诚向赵猛道歉，二人摒弃前嫌，真正成为了生死与共的战友。
关威开始认识到了纪律和革命信仰对武工队的重要性，带头虚心接受赵猛的训练指导，整个武工队的军事素质和精神面貌都焕然一新。经过众人商议，众人决定拿日军征粮队练兵。此次战斗众人第一次配合无间，大获全胜。全灭征粮队标志着神勇武工队正式走向成熟，此时作为教官的史勇却决定功成身退。
与此同时，山田幸助又开始酝酿新一轮的阴谋，这次他的目标是关威的老家——史家镇。山田派兵大举进驻史家镇，并以全镇人的性命要挟关威投降。原来日军已在史家镇重新建立秘密生化基地，现在万事具备，只差樱木一郎生前的试验资料。
山田知道关威有着过目不忘的记忆力，这份资料一定还保存在关威的脑海中。这种武器一但研发出来将会对战局产生决定性的影响。
面对山田的威胁，众人开始苦苦思索破局之法。
枪口下的搏杀第16集剧情介绍众人就如何破解山田的阴谋展开激烈的争论，关威认为山田为了实验数据会暂时保证自己的安全，决定孤身前往史家镇。
山田幸助为表招揽之意在关家旧宅招待关威，并让关威手刃了杀父仇人。另一方面山田却用全镇人的性命做要挟，要关威默写实验报告，并说出武工队员的下落。迫不得已之下，关威答应了山田幸助的要求。
涩谷在夜里带队突袭武工队驻地，赵猛察觉到日军行动，带领众人先行转移，日军无功而返。
赵猛接到组织上对关威实施锄奸行动的命令，众人也认为关威已经叛变，决定坚决执行命令，唯有陆小雅和方朗坚决反对，双方为此拔枪相向险些酿成大祸。
关威故意拖延誊写进度，并要求确认自己队员的安全。日军假装胜券在握，拒绝了关威的要求，暗地里却焦急不已。此时泥鳅主动请命去说服关威。二人假装打架，骗过了日军监视的耳目。原来泥鳅虽胆小懦弱，对关威救自己出秘密基地一事却始终存有感激之情，所以主动前来为关威通风报信。
众人前往镇上执行锄奸行动，为防陆小雅做出不理智之事，花芙蓉用迷药迷昏了小雅。不想在众人离去后，花芙蓉发现小雅不知何时已消失的无影无踪。与此同时，史勇也乔装成乞丐，悄悄潜入了史家镇之中。
