汉朝年间，吕后掌权，当年的刘氏后裔有的归依，有的叛乱，锦衣卫首领刘宣奉命对自己的亲叔父平王府满门抄斩。虽心有不忍，但君命难违。
淳于医苑在京城颇有名气，主事的是德高望重的淳于意，淳于意虽然医术高明，但他的两个女儿却不得其真传，尤其是小女儿缇萦，虽聪明绝顶，但医术却不敢恭维，给病人拔牙，竟能把整个牙床都给拔下，倒也一了百了，医海无涯在她手里就能变成“无牙可患”了。
神医侠侣第2集剧情介绍吕后在宫廷急切的等待刘宣盗来的宝物，在这个迟暮的女人眼中，纵有无限江山，也换不回人的真心和逝去的光阴，所以，一看到乳臭未干的小皇帝，她就气不打一处来，总觉得有一天，自己苦心经营的一切都会属于这个毛孩子。好在绣衣大执法前来禀报刘宣盗宝成功的消息，吕后稍感慰藉。
慌忙拿着宝物前去向邢善请教，邢善乃秦朝人士，在人间已活了200多岁，虽白须垂地，老态龙钟，但据说服用了长生不老药，可长生不死，无奈落入吕后囚笼，慨叹生不如死。
刘湘不知自己攻打黑齿国只是为刘宣盗宝掩护的内情，看到自己的军队只剩残兵败将，想一死了之，幸好弟弟刘宣劝阻，两人归得宫来。他们都喜欢太后的侄女琴子姑娘，兄弟俩明争暗斗，出宫养病的琴子看上去左右为难，其实，心里早有答案。
神医侠侣第3集剧情介绍琴子姑娘在刘宣妹妹刘珊的陪同下准备回宫，琴子思念心切，放出信鸽意欲刘宣来城外接他，刘宣知道哥哥刘湘也喜欢琴子，所以，让哥哥刘湘前往城门，自己则在暗中相迎，这让琴子很是失望，一时失神，竟差点滑落灞堤，幸好刘宣眼疾手快，从暗中使出轻功，将她救起。
琴子受了惊吓，旧病复发，一时不省人事。宫中御医全都手足无措，刘宣决定请出民间神医淳于意前来就诊，缇萦跟着父亲，第一次见到了让刘宣黯然伤神的女人——琴子。
神医侠侣剧照
其实，刘宣的牵挂另有隐情，年幼时，琴子和他们兄弟俩在一次玩耍中，因为受刘宣的惊吓，琴子不慎落入寒潭，从此落下重病，一旦受到惊吓，就昏迷不醒，刘宣对此怀着深深的歉疚。太后一心只想着自己的长生不老药，她抓来宫女做人体实验，结果果然神奇，宫女服药后皱纹消失殆尽，变得青春美貌，吕后心中狂喜，只等择得良辰吉日，就亲自以身试药。
没想到，半路杀出漫天的“蝙蝠阵”，一个叫莫娘的蒙面女子在月夜私闯皇宫，将药偷走，刘宣虽使出浑身绝技，却只能眼看着莫娘从天而降，又随一群蝙蝠消失在夜色之中，莫娘虽偷走太后的宝贝，却对刘宣一见钟情，将一颗芳心留在宫中。
神医侠侣第4集剧情介绍太后大怒，惊呼：我的青春不老被偷走了!她将看守全部处以极刑，并要求刘宣一定要将药重新夺回来。看到琴子和刘宣卿卿我我的样子，刘湘好不愤怒，与刘宣大打出手，表面上刘湘指责刘宣忘记了祖先的恩愁，成为了吕后的走狗，实际上刘湘是为了发泄刘宣夺爱之恨。
缇萦奉父亲之命，负责给琴子熬药治病，刘宣看到她聪明伶俐，请她陪伴琴子，好给琴子带来一些快乐的好心情。缇萦对刘宣和琴子的关系很是好奇，这好奇中还免不了夹杂着一些莫名的醋意。
莫娘回到自己隐居的山林，她的家中还有一个老太太朝君，此人和邢善原是一对师兄妹，只是白头没有偕老罢了。莫娘谎称盗药失手，想问出此药的正确用法，朝君警惕地闭口不谈。
