秦始皇十分高兴。这时博士淳于越发言：“但据我所知，商朝、周朝能延续千年，正因为它们实行分封制，使得诸侯王能够保卫中央。如果陛下不搞分封制，假如出现了叛臣或者权臣，陛下又能依靠谁来相救呢？”秦始皇非常生气。
大臣李斯猜透了秦始皇的意愿，便向秦始皇主张：淳于越以古书为据否认当今，必然会造成皇上的威权受到质疑。所以应该实行焚书：史书无关秦朝历史的烧掉。
秦博士之外，民间敢私自窝藏儒家《诗》《书》及诸子百家书的，地方官一律没收焚毁；讨论儒家经典的一律斩首，以古书否定当朝的灭九族，官员知情不报的同罪。
始皇同意。这便是历史上着名的“焚书”。焚书后一年，有姓侯、卢的两个书生，本来受命为秦始皇求长生不老之药，后来认为秦始皇贪于权势，求药也是白求，于是请求辞职。
秦始皇大怒，又想到以往屡屡求仙药不得，都是被这些书生坑害的，于是下令将国内四百六十多个方术之士和书生统统活埋。这便是历史上着名的“坑儒”。
焚书坑儒后没多久，陈胜、吴广起义，起义带动了全国的反秦浪潮，不久秦朝灭亡。陈胜起义时，齐鲁大地的读书人都归附陈胜，甚至孔子的后人孔甲还做了陈胜的博士。
汉朝建立后，民间不少学者也纷纷做了汉朝的博士，或者他们的传人被立于官学，比如治《诗经》的申培公、辕固生、韩婴，治《仪礼》的高堂生、治《周易》的田何等。这些学者在秦朝焚书后被普遍边缘化，汉朝建立后，因为文化重建的需要，又渐渐回到了政治的中心。
汉武帝时，在汉文帝时期的《诗经》博士及各种传记博士的基础上设立了五经博士，除了文帝时的《诗经》博士以外，还有《尚书》的欧阳生、《仪礼》的后苍、《周易》的杨何、《春秋》公羊家。
汉武帝还为博士设立弟子，弟子中成绩优异的，便授以郎中或文学掌故的职位。汉武帝时的五经博士在汉宣帝时又增至十二博士，同一部经典，不同的家法可以同时设立不同的博士。
直至董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”，儒家才完全确立了正统地位,所谓“罢黜”，并不是禁绝其学术，董仲舒自己的学说就使用了不少阴阳家的思想。
“罢黜”仅仅是不为其立博士，其目的也不是实行文化专制，而是确立五经的尊严。《孟子》虽为儒家，但因其不属于五经，所以原来的《孟子》博士也同样被废除。
钱穆、徐复观先生皆有专文，论述“罢黜百家，独尊儒术”并非文化专制，此不细谈。至于《诗经》《尚书》等经典文本在“焚书”后的重定，一方面由于秦朝不可能搜遍世间所有图书，所以偶有漏网也必不可免。
特别是如《诗经》一类朗朗上口、易于记诵的经典，更是容易流传，而《周易》因为是占卜之书，反而不在焚书之列；而另一方面，也是由于一些学者的冒死保护，才守住了这些典籍。
比如治《尚书》的伏胜，本来是秦朝的博士，秦始皇焚书后，伏胜害怕受牵连，便将《尚书》藏在家中墙壁。汉朝建立后，汉文帝想要请伏胜出来做官，伏胜已经九十岁了，不愿出行，汉文帝于是派晁错向他学习《尚书》。
伏胜于是回家找到了墙壁中的《尚书》，但由于离家太久，壁中书损毁不少，只剩下二十九篇，于是这二十九篇便作为可信的“今文尚书”传了下来。
伏胜的故事到了《尚书序》中有了一个更为曲折的版本：晁错来找到伏胜，伏胜年老，而壁中书已完全损毁，伏胜只能凭着一个老头九十岁的记忆，把《尚书》的内容一句一句地背了下来，因为伏胜已经口齿不清，晁错听不清他说什么，伏胜只能通过自己的女儿转述给晁错。
文化是一个民族恒定的心理结构，并不能被政治的力量所抹杀。相反，在中国的崇文厚德的国度里，政治常常需要从文化中获得自身的正当性和合法性。
秦始皇焚书坑儒，是因为自身的统治经不起文化的质疑，而汉武帝独尊儒术，也是因为自身的统治需要文化的支撑。牟宗三先生认为儒家应该“三统并建”：即道统、政统、学统。
文化制约政治，也指引政治，政治实现文化，也扩充文化。五千年的历史，其实也是政治与文化的互动史。而这种良性互动，也应该成为文化和政治的常态。
