比武中悟尘中枪，船头正治逼问华严血经，悟尘拼死反抗，被船头正治一枪打死。杨万凤率八路军赶到，船头正治撤离。随后警告明空，若不交出佛家四宝，就杀光全部和尚。
静云责怪船头正治杀了悟尘，并指示接下来要想方设法接近净癫。明空警告净癫远离船头正治，以护宝为重，不要一心报仇。净癫只身求见船头正治，扬言会帮助船头正治取得佛家四宝，条件是船头不再掳杀僧人，并在拿到宝物后离开五台山。船头正治上当。净癫将船头正治引入密道，与鲁志成联合，杀了船头正治。
净慈告诉明空已杀掉船头正治，明空震惊，急忙召见鲁志成，并要求尽快转移佛家四宝。柳生霸川震怒，要围攻水磨坊。明空要独自留在白塔寺，但众僧都不愿离开。明空将佛家四宝交给鲁志成，鲁志成发誓不辱使命。柳生霸川搜遍白塔寺没有找到明空方丈，下令再搜，并密令寻找静云。密室里，明空要出去会见柳生霸川，净癫却先跑出去，把明空反锁在密室里。
日军闯入白塔寺，搬开箱子找到了明空。柳生霸川逼问明空杀死船头正治的凶手，明空绕开话题，被绑在柱子上。净癫发现明空方丈下落，与明远商量营救方案。明空一直不肯说出净癫和鲁志成的下落，明远也被抓来和明空绑在了一起。柳生霸川要杀明空和明远，为船头正治之死报仇，静云前来制止。柳生执意要杀明空，此时静癫闯入，被乱枪射死，鲁志成等人埋伏在山上支援，日军撤退。
柳生霸川命令日军分五队去五台山五个寺庙里寻找宝物，打砸抢烧。杨万凤率女兵排下山闯入白塔寺，鲁志成、静然、吴有德决定前去支援杨万凤，大志不顾小满反对，也跟了过去。
日军发现鲁志成。鲁志成等人撤退，却发现大志不见了。吴有德在寻找大志的过程中腿被炸断，让人把大志带走，只身迎战柳生霸川。柳生霸川欲用佛家四宝与吴有德做交易，吴有德不答应，被柳生杀死，鲁志成赶来击退日军。
独立连第36集剧情介绍吴有德临死前将黑风寨交给鲁志成。大志被带回黑风寨，小满不让大志做八路军，要大志去舅舅家避风头，大志不肯。大志请鲁志成进寨，鲁志成也不同意大志这么小就加入八路军。大志一心要为吴有德报仇，只身一人下山，被柳生霸川抓住。柳生带着大志闯进黑风寨。
鲁志成等人与日军交火。鲁志成命净慈绕到敌后配合作战，然后撤回白塔寺，自己一方留下想办法营救大志。柳生霸川以大志为人质要挟黑风寨放下吊桥，鲁志成命人在桥头放炸药，等日军带大志进来，就炸断吊桥。
柳生霸川欲用大志交换华严血经。静云告诉柳生霸川佛家四宝的所在地，并令其保护好大志，作为换取佛家四宝的筹码。鲁志成收到柳生联队中的八路军卧底方志军留下的信。杨万凤等人连夜赶往白水镇，与方志军里应外合救出了大志。
柳生霸川搜遍白水道观都没有发现华严血经，唐代玉佛、文殊金印也都没了下落，暴怒。又得知方志军带走了大志，忙下令追捕。杨万凤命方志军护送小满和大志去好汉坡，，自己则带领女兵排去强盗岗引开追击的日军。方志军从反方向走为大志作掩护，被日军抓获。女兵排与日军激烈交战。
柳生霸川回到黑风寨发现空无一人，命令部下向白塔寺出发。杨万凤与小满和大志失去了联系。小满为了掩护大志中弹，而后拉响手榴弹与日军同归于尽，大志最终与杨万凤他们汇合。
明远在报纸上看到美国袭击日本的报道，告知明空。明空写了封信给富团长，让明远将信交给鲁志成。杨万凤带着大志归来。吴有德和小满被追任为八路军战士，黑风寨的人扩充到独立连。富大龙命令鲁志成带领独立连牵制柳生霸川联队，防止其在投降前反扑。
独立连第37集剧情介绍(大结局)静云欲在日本投降前夺到佛家四宝，说服柳生霸川再次搜剿五台山。鲁志成将佛家四宝转交给明空方丈。静云和影子武士追随而来。明空方丈担心柳生霸川会毁掉白塔寺，希望独立连能保护好白塔寺。
静云等人几番周折找到并进入了白塔寺后山的暗道。大志猜出开启通往白塔寺暗道的偈语打开了闸门，却遇到了暗道里的静云等人。双方交战，明远牺牲，明空负伤。明空带着大志将佛家四宝送到塔顶的密室。
柳生霸川不顾静云的阻拦，在白塔寺放好炸药，要炸白塔寺。静云暗示柳生霸川，佛家四宝就在白塔寺。静云与鲁志成等人在暗道相遇，发生激烈交战，静云被杀死。鲁志成等人在暗道放火后关掉了闸门。
鲁志成与柳生霸川在白塔寺下对峙，杨万凤为救鲁志成严重受伤，鲁志成愤然杀掉了柳生霸川。杨万凤临死前与鲁志成互诉衷肠。
日军投降，全寺欢呼。大志剃度，明空赐其法号大慈，将佛家四宝交给大志保管。白塔寺重归安宁，鲁志成在杨万凤墓前告别，带着独立连撤回延安。
