忽必烈跟随耶律楚材见到大宋丞相，忽必烈亮出条件后对方一口答应下来同意假道于蒙古，忽必烈一行人在回去途中被假扮蒙军的金人伏击，他们奋力反抗，宋军扮作金人打退金兵，忽必烈让大宋将领敬佩不已，耶律楚材也没想到宋朝有如此良将，双方都担心在战场上相遇会不可避免地交战。
贵由想偷袭敌军后方时被金军埋伏，他只好向窝阔台求救，窝阔台派兵救援时遭遇金军主力，之前制定的计划完全被知乱，蒙古军队陷入苦战，大将博尔术最终战死沙场。贵由率军苦战时蒙哥、旭烈兀率军赶到增援，窝阔台不愿看到失败，他已成了强弩之末，苦战之际托雷率军赶到，1231年12月三路兵马会师三峰山，但只剩下了五万余人，而金军主力尚有二十万。
众将劝窝阔台不要盲目进攻，托雷命军队采用车轮战和城头的金军抗战，还以食物和取暖的方法扰乱金军，蒙军调部署开始反攻，金军的补给被切断，一场冻雨过后蒙军对城墙上的金军发起突然袭击，几支小队进城搜查时发现城墙上的金兵已被活活冻死，托雷全歼金军主力。
博尔术的下属赤老温在战后指责贵由不懂指挥，窝阔台斥责他以下犯上，赤老温被抓起来。忽必烈在帐中替赤老温求情，博尔术坚持要惩罚赤老温，忽必烈知道赤老温有成吉思汗九罪不罚的特权，托雷也和其他将领也替赤老温求情，忽必烈提出让赤老温替成吉思汗守陵，窝阔台答应下来。窝阔台在托雷的提议下最终原谅了赤老温，他可以继续留在军中效力。
窝阔台搬师回朝，忽必烈再次见到察比后两人感情加深。汗大妃听说贵由在战场上的事情后有些怒火，窝阔台回去之后一直在想三峰山之事，他感觉别人瞧不起自己，对托雷的不满也表示出来。窝阔台将税制交给耶律楚材处理，没有完成任务的税官被罚，耶律楚材提出汉地的户籍制度征税之法。
忽必烈传奇第5集剧情介绍窝阔台采取了耶律楚材的建议，税官求汗大妃救命，她让他找一个最会做生意的商人，和林有名商人的弟弟宝音被叫到汗大妃面前，他们密谋应付税收的办法。汗大妃将税收问题讲给窝阔台，喝多的窝阔台没看清文书上的内容就在上面签字。察比送忽比烈一串手链，她想要他手上的那把刀，察比希望他能将对伊娜的爱转移到自己身上，忽比烈明白她的心思，他将刀送给察比。
忽比烈收到托雷的信函后急忙赶回去，宝音手拿大妃的手谕在街上征税时被忽必烈看到，忽必烈命人将他绑住，但宝音拼命逃走，还对抗官兵，忽必烈上前追赶时宝音意外从高处摔死。汗大妃听说宝音死后准备嫁祸给忽必烈，宝音哥哥宝迪掌握着蒙古国的经济命脉，忽必烈在汗大妃面前被指责，他不畏惧小人的猜忌。
忽比烈被看押起来，托雷找窝阔台质问时汗大妃强词夺理，她一口咬定忽必烈是故意杀人，窝阔台也不相信忽必烈会那样做，他指责汗大妃捉拿忽必烈是干预国事，汗大妃当众感觉羞辱。宝迪见到汗大妃后说明来意，他为弟弟而来。拖雷一直在帮忽必烈找证据，忽必烈的兄弟来到关押之地探望他。
宝迪召集宝林的商人们议事，他们打算关闭生意来要挟蒙古的王公贵族，贴尼找汗大妃替忽必烈讲情，汗大妃一心想弄死忽必烈，贴尼撞了一鼻子灰。宝迪找汗大妃商量对策，他们想除去拖雷，汗大妃想借机拿到托雷手上的一部分权力。窝阔台召集众人商量宝迪之事，忽必烈坚持认为宝音的死属于意外。
忽比烈在大账中拨刀证明了自己的清白，窝阔台相信他，忽必烈被无罪释放。贴尼相信事情没完，拖雷让忽必烈主动找汗大刀赔不是。窝阔台病重，汗大妃准备对付托雷，有人提议在托雷的饮水里下毒。
忽必烈传奇第6集剧情介绍拖雷来到窝阔台账中见到汗大妃找来巫师驱魔，汗大妃骗他喝下巫师手上的水，喝水后托雷回到军账，他在途中已经感到腹部难受，躺在床上难受至极，忽必烈急忙找人叫耶律楚材过来，耶律楚材到后发现托雷中毒。托雷向忽必烈说起他曾喝下一碗脏水，耶律楚材只看出曼陀罗之毒，几种毒药只是散在四肢，耶律楚材开他可保托雷周详。
窝阔台迷倒是被汗大妃故意之为，他昏迷之际曾看到托雷为喝下那碗水，窝阔台要赶过去看望托雷时被汗大妃阻止。拖雷喝了耶律楚材的药后有些好转，但毕竟中毒，忽必烈调兵前来保护。汗大妃派出的人打听到拖雷的情况，她前去打探情况时被蒙哥阻拦在外面，她生气而回。
汗大妃猜出是耶律楚材救了拖雷，一计不成又下毒计，她命巫师在托雷账外装神弄鬼，大吵大闹让拖雷心神意乱，驱摩巫师甚至闯入账内吓唬拖雷，拖雷在激怒之下口吐鲜血，他出现幻想后毒已侵入肺脏，耶律楚材发现情况不妙，取药时发现药已空空，忽必烈看出有人从中做怪。
拖雷躺在床上叫耶律楚材来到床前，他知道他已经尽力，托雷不怕被长生长召去，但有些事情需要耶律楚材帮忙，托雷不想在死后引起蒙古内部争斗，还要让儿子们学会忍耐。情绪激动的蒙哥要找汗大妃报仇时被忽必烈拦住，阿里不可提醒他们不要争吵，他们发现在账外偷听的探子后绕到后面将他擒获，询问之后才知道是汗大妃派来的。
察比见到病重的拖雷后有些惊讶，汗大妃得知拖雷情况后内心十分欣喜，贵由向她问起时她假装不知，他也怀疑拖雷的病和汗大妃有关。窝阔台要亲自去看望拖雷，汗大妃陪同前往，忽必烈请窝阔台一人入账，窝阔台自感觉对不住拖雷，拖雷不怨恨他，拖雷求窝阔台在自己死后要保贴尼和儿子们的平安。耶律楚材让人找汗人海云大师帮忙，他已经尽力而为。汗大妃下令全城戒备，窝阔台召集拖雷的四个儿子入汗宫。
