这一奇迹被认定是秦始皇陵的陪葬，几乎成为一种“公论”，甚至美国《焦点》杂志在介绍兵马俑时也称：“中国第一个皇帝秦始皇在2200年前驾崩之前统一了中国，下令修建长城，对中国实行残酷统治。他当时唯一惧怕的是天帝的震怒。他为此下令修建一座庞大的陵墓，让8000名真人大小的彩绘武士守卫。”但近些年来，有学者却对这一“公论”提出了质疑，认为兵马俑的主人根本不是秦始皇。此论一出，立即在学界引起了轩然大波。那么兵马俑的主人到底是不是秦始皇呢?如果不是秦始皇又是谁呢?
对兵马俑的主人是秦始皇这一观点提出质疑的是南京建筑学家陈景元，1961年他曾参与秦始皇陵的保护规划，1984年他就曾发表文章质疑兵马俑的真正主人是否是秦始皇，但未得到重视。2006年，他又在《中国科学探险》杂志第2期发表了《兵马俑的主人根本不是秦始皇》一文，首先对秦始皇葬于骊山脚下提出了质疑。
现在认为秦始皇葬于骊山脚下，最主要依据是《史记》的记载。《史记·秦始皇本纪》里面说，“九月，葬始皇郦山。始皇初即位，穿治郦山……”这里面包含了两个意思，一是说秦始皇死后埋在了骊山，二是说他刚一即位就在骊山建造皇陵。
陈景元认为《史记》的记载未必真实。秦始皇出巡途中死于河北邢台，要回咸阳的一条捷径是向南过黄河向洛阳，再到西安;另一条路线如秦俑馆里所记载的：向西经井陉，过娘子关到太原，再向北到包头转至西安。无论是哪条路都不可能在短时间内回到咸阳，而在夏天要保证赵高、李斯为“篡权”所要求的“秘不发丧”，保证尸体不腐烂也是非常难的。这样看来，秦始皇的尸骨其实是出不了河北省的，即使到了骊山，也只能做个衣冠冢。而从陕西省文管会1960年初到当地进行现场调查后所写的调查报告来看，位于现在秦始皇陵北面的大量夯土地基上什么都没有，作为宫殿建筑群主要部分的这一地块当时根本就还没有进行施工建设，内城、外城及封土等都是死后的工程。而骊山上洪水严重，几乎每隔三年就会下一场暴雨，开挖的地宫也不可能不顾积水而在秦始皇死前几十年就预修。
既然秦始皇陵不在骊山，那么位于骊山脚下的兵马俑又是谁的呢?陈景元认为兵马俑其实是秦始皇的高祖母秦宣太后的。
秦宣太后，姓芈(mǐ)，楚国王族，后嫁于秦惠文王。她在秦国统治了四十一年之久，是中国历史上第一个真正掌权治国的女国君，甚至有人称她为两千多年前的“慈禧太后”。为何说兵马俑不是秦始皇而是她的陪葬呢?
陈景元认为历史上秦始皇曾经下令将陵墓向外扩展“三百丈”，但秦时的“三百丈”只有690米，所以在秦始皇陵封土之东近二公里的兵马俑，不可能被包括在这一个“三百丈”的界址之中，因而也不可能成为秦始皇陵的一个组成部分。而在《史记·正义》及《陕西通志》、《临潼县志》等史料中，都有“骊山：在雍州新丰县南16里;秦始皇陵：在雍州新丰县西南10里;秦宣太后陵：在雍州新丰县南14里”的记载。雍州新丰县的县城，也就是今天临潼县新丰镇的东北不远处，根据上述明确的方位和里程，很容易判断出秦宣太后陵，就在秦始皇陵的东侧偏南、距骊山山脚约2里处的西杨村、下和村一带，也就是人们现在所熟知的秦俑坑附近。
此外，在兵马俑的身上也发现了一些奇怪之处：一些兵俑的头顶，梳有苗裔楚人特有的、偏于一侧的歪髻;秦俑所着衣服，非常鲜艳，与秦王朝的尚黑制度，有显著差别;在一些陶俑身上还发现了“芈”字，疑为秦宣太后的姓。
如果兵马俑真是秦宣太后的陪葬，那么哪里是宣太后的陵墓呢?但目前考古学者还没有发现足以与兵马俑匹配的宣太后墓。考据学上强调“孤证不立”，就是单独的一个例子是不能证明一个事物的真实性的，至少凭借现有证据而断定“兵马俑的主人是宣太后而非秦始皇”为时尚早。这也使得陈景元的质疑更多地停留在猜疑假设阶段，也说明当前的秦始皇陵和兵马俑的研究还应进一步地深入探讨。
